巴彦淖尔市医院始建于1958年，是巴彦淖尔市唯一一所集医疗、教学、科研、保健、康复为一体的国家三级甲等现代化综合性医院，主要承担全市170余万各族群众的医疗保健和各旗县区急危重症转诊患者的救治重任。

医院现为自治区六个区域医疗中心之一、自治区普通高等教育临床教学基地、自治区全科医师规范化培训基地、自治区住院医师规范化培训基地联合体协同医院、内蒙古医学院教学医院、包头医学院硕士研究生培养基地、包头医学院二段式教学附属医院、河套大学附属医院。